A certificação é o reconhecimento dos processos de qualidade e segurança no atendimento ao paciente, desenvolvidos com base em políticas, programas, protocolos e investimento em capacitação. Isso possibilita a implementação de uma cultura de aprimoramento contínuo das atividades.
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Desde 2009, o Hospital Alemão Oswaldo Cruz conta com a certificação da Joint Comission Internacional (JCI), a mais importante na área da Saúde. Trata-se de um sistema internacional de medição de qualidade para testes comparativos, estratégias e melhores práticas de redução de risco, táticas para reduzir eventos adversos e elaboração de programas para melhorar a segurança e a qualidade dos serviços direcionados aos pacientes. Isso atesta que a Instituição tem sua atuação alinhada aos padrões de excelência e às práticas de referência do segmento hospitalar mundial.

A Instituição foi vencedora do Prêmio Latino-Americano de Excelência em Higienização das Mãos 2015-2016, realizado pela Aesculap Academia, em parceria com a Organização Mundial de Saúde (OMS), concorrendo em duas categorias: implantação da estratégia multimodal de higienização das mãos e inovação. Foi o único hospital brasileiro a ficar entre os ganhadores.
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Com o Programa Bem-Estar, voltado para os colaboradores e baseado em um modelo de gestão integrada de saúde, segurança e qualidade de vida, a Instituição ficou entres os três finalistas do Global Healthy Workplace Awards, o mais importante prêmio mundial dedicado à promoção da saúde e bem-estar no ambiente de trabalho, dentre 187 concorrentes do mundo todo.